孤独症教育发展联盟的组织架构设计秉持简洁高效原则，以轮值主持制度为核心机制，旨在保障活动内容的多样性及成员单位的广泛参与：

轮值主持单位：每年由理事会推选一家成员单位担任轮值主持，负责统筹该年度各项活动的规划、筹备与实施。例如，2024年轮值主持为中国布道会圣道学校（香港），2025年由青岛市晨星实验学校接任。

理事会：由创始成员单位代表共同组成，承担联盟运作的监督职责，负责审议年度活动计划，并推选产生各年度的轮值主持单位。

秘书处：由当届轮值主持单位指派专职人员组成，负责联盟日常事务的沟通协调与会务支持工作。

创会会员：指联盟创立之初自愿加入并共同签署章程的15家创始成员单位。创会会员资格具有特定历史属性，不开放后续申请。

核心会员：指经联盟理事会审核通过，或由联盟主动邀请加入的其他孤独症教育及相关服务单位，其入会均须经理事会认可。